呼吸疾病国家重点实验室于2007年通过科技部批准设立，由广州呼吸疾病研究所和中国科学院广州生物医药与健康研究院合作创建，是国内最早成立的呼吸疾病研究机构之一，现任实验室主任为中国工程院院士、中华医学会会长钟南山教授。实验室战略定位于瞄准国家中长期科技发展规划，针对肺部疾病防治的重大科学问题，开展基础与临床结合的前沿性研究工作，重点研究方向包括突发性重大呼吸系统传染病（SARS、禽流感等）、支气管哮喘与慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病（COPD）和肺部肿瘤四个领域。